Các hệ sinh thái ven biển đang bị con người tàn phá nghiêm trọng.[4] Sự mất môi trường sống đáng kể đang xảy ra đặc biệt là ở các thảm cỏ biển, rừng ngập mặn và rạn san hô, tất cả đều đang suy giảm do tác động của con người.

Các rạn san hô là một trong những hệ sinh thái đa dạng và năng suất trên hành tinh, nhưng 1/5 trong số đó đã biến mất trong những năm gần đây do sự xáo trộn của con người.[5] Các rạn san hô là hệ sinh thái được điều khiển bởi vi sinh vật, dựa vào vi sinh vật biển để giữ lại và tái chế chất dinh dưỡng nhằm phát triển mạnh trong các vùng nước đa dưỡng. Tuy nhiên, những vi sinh vật tương tự này cũng có thể kích hoạt các vòng phản hồi làm gia tăng sự suy giảm mạnh mẽ ở các rạn san hô, với các tác động phân tầng qua các chu trình sinh địa hóa và lưới thức ăn biển. Cần hiểu rõ hơn về các tương tác phức tạp của vi sinh vật trong các rạn san hô nếu việc bảo tồn rạn san hô có cơ hội thành công trong tương lai.[6]

Các thảm cỏ biển đã bị mất đi 30.000 km2 (12.000 dặm vuông Anh) trong những thập kỷ gần đây. Các dịch vụ hệ sinh thái cỏ biển, hiện trị giá khoảng 1,9 nghìn tỷ USD mỗi năm, bao gồm chu trình dinh dưỡng, cung cấp thức ăn và môi trường sống cho nhiều loài động vật biển, bao gồm cả cá nược, lợn biển và rùa xanh đang bị đe dọa, và các điều kiện chính cho cá rạn san hô.[4]

1/5 rừng ngập mặn trên thế giới cũng đã bị mất kể từ năm 1980.[7] Mối đe dọa cấp bách nhất đối với các khu rừng tảo bẹ là việc đánh bắt quá mức các hệ sinh thái ven biển, bằng cách loại bỏ các mức độ dinh dưỡng cao hơn đã tạo điều kiện cho chúng chuyển sang các trại nuôi nhím làm suy giảm chất lượng.[8]